Músico especializado en instrumentos de teclado históricos, João Janeiro divide su actividad profesional entre la investigación, los conciertos, las grabaciones y la docencia. Estudió en Lisboa, donde completó su formación en clavecín, órgano, clavicordio y musicología histórica.
Fundó y dirigió los conjuntos Flores de Mvsica y Capella Joanina, así como la orquesta barroca Concerto Ibérico, con los cuales ha difundido activamente el patrimonio musical portugués a través de conciertos, grabaciones en CD, conferencias y clases magistrales. Ha sido responsable del estreno moderno de varias obras de compositores barrocos portugueses. Ha colaborado con orquestas nacionales y extranjeras, y ha grabado varios CD en órganos e instrumentos históricos dedicados a la música portuguesa.
Ha participado en numerosos festivales internacionales en Portugal, España, Italia, Alemania, Francia y Suiza, tanto como solista como maestro al cembalo, y ha dirigido varias producciones de ópera barroca en Portugal e Italia.
Ha dirigido las ediciones críticas de obras de João Baptista Avondano y Francisco António de Almeida, y ha dirigido la grabación en CD del Te Deum y la Missa en Fa de Almeida, así como el Matuttino de' Morti de David Perez, de cuya partitura está preparando la edición crítica. Ha grabado dos CDs con el Ensemble Avondano, dedicados a las sonatas de João Baptista Avondano y a la música de cámara de Pedro António Avondano. También ha trabajado en las ediciones críticas de la primera ópera de un compositor portugués, La Pazienza di Socrate de F. A. Almeida, así como de otras partituras para solistas, coro y orquesta de este compositor.
Ha investigado la reconstrucción de los Concerti Grossi de Pereira da Costa, publicados en Londres a mediados del siglo XVIII, y ha promovido la difusión de la obra musical de João Lourenço Rebelo en conciertos, escenarios internacionales en Italia y con la grabación del CD Vésperas da Beata Virgin Mary. Recientemente, realizó el estreno moderno con instrumentos históricos y la grabación en CD del Réquiem de João Domingos Bomtempo, bajo el Alto Patrocinio de la Presidencia de la República Portuguesa.
Paralelamente, ha grabado el CD de la Pasión según San Juan de Bach con Concerto Ibérico, las Sonatas de Johann Ernst Galliard con el ensemble Contagio Barroco, y está preparando la grabación en CD de las Sonatas para flauta de Bach junto a la joven virtuosa Filipa Oliveira. El próximo septiembre se lanzará otro CD de órgano solista con órganos históricos, así como el segundo proyecto discográfico de Concerto Ibérico, dedicado íntegramente a las relaciones musicales entre Nápoles y Lisboa.
Dirige los festivales West Coast Early Music Festival y SIMA - Série Ibérica de Música Antiga, en los que han participado algunos de los mejores músicos internacionales de música antigua. En 2001 finalizó el Inventario de Órganos Históricos del Alentejo y ha coordinado varios procesos de restauración para el Ministerio de Cultura. Es responsable de los Cursos Internacionales de Verano de Música Antigua y de los Seminarios de Consort y Bajo Continuo en Portugal.
Imparte clases de clavecín, música de cámara, bajo continuo e interpretación histórica en la Escuela Superior de Artes ESART-IPCB, y órgano en la EMNSC. Desde hace más de 20 años, trabaja en la difusión de los instrumentos de teclado históricos y la interpretación históricamente informada en conciertos, clases magistrales y seminarios de bajo continuo y orquesta barroca en diversos países de Europa.
Es presidente de MAAC, miembro fundador del CESEM (FCSH-UNL) y de la Sociedad Portuguesa de Investigación en Música (SPIM). Ha presentado ponencias y publicado artículos sobre organología y música barroca portuguesa.